Морские сражения ведутся так же, как и битвы на суше: вместо поля боя - море, вместо отрядов - корабли. Для управления используется практически тот же интерфейс, что и для сражений на суше. В исторический период, описанный в игре Total War: ROME II, морские сражения велись следующим образом: обстреляв противника, атакующий корабль начинал абордаж, но мог пойти и на таранный удар.
При абордаже экипаж одного корабля пытается захватить другой корабль в ближнем бою при поддержке стрелков. Выбрав свой корабль, нажмите кнопку абордажа, а затем выберите вражеское судно, чтобы приказать своему кораблю сблизиться и высадить абордажную команду. Для успешного абордажа от участников требуется высокий уровень навыков и смелость. Действие можно отменить в любой момент противоречащим приказом.