Deniz muharebeleri, kara savaşlarıyla aynı işleyişe sahiptir: Savaş meydanı, denizdir; birimlerin yerini tekil gemiler almıştır ve çarpışma da karadaki ile aynı kullanıcı arabirimi vasıtasıyla kontrol edilir. TOTAL WAR: Rome II'nin kapsadığı tarih aralığı boyunca deniz savaşları; ateşli cisimler fırlatıp ardından yaklaşarak bordalama ve yakın muharebeden meydana gelmiş olsa da, bu sefer mahmuzlama da uygulanabilir muharebe taktikleri arasında yerini alıyor.
Bordalama eylemi sırasında bir geminin mürettebatı yakın muharebe ve menzilli birliklerin desteği ile başka bir gemiyi ele geçirmeye çalışır. Kendi geminiz seçili iken, bordalama düğmesine tıklayın ve geminize yaklaşması ve silahlı askerlerinizle gemiyi ele geçirmesi emrini vermek için hedef bir gemi seçin. Bordalama, son derece yetenek ve cesaret isteyen bir eylemdir ve farklı bir emir verilerek istenildiği anda iptal edilebilir.