Le battaglie navali funzionano esattamente come le battaglie di terra: il campo di battaglia è il paesaggio marino, le navi sostituiscono le unità e il combattimento navale è controllato usando la stessa interfaccia delle battaglie terrestri. Nonostante durante il periodo di storia coperto da Total War™: ROME II il combattimento in mare consistesse nel lanciare frecce e poi passare all’abbordaggio e al combattimento ravvicinato, lo speronamento diventò una tattica di battaglia attuabile, nello stesso periodo.
Durante l’abbordaggio, l’equipaggio di una nave cercherà di impossessarsi di un’altra usando tecniche di combattimento corpo a corpo e il supporto delle unità da tiro. Dopo aver selezionato la tua nave, fai clic sul pulsante d’abbordaggio, poi scegli una nave da attaccare per ordinare alla tua di avvicinarla e inviare a bordo alcune truppe per prenderne possesso. Le azioni d'abbordaggio richiedono truppe con livelli di abilità e coraggio molto alti, e possono essere revocate in qualunque momento attraverso un contrordine.